Il diario isme (Aprile 2020)

Risposte trascrizionali e antagonistiche di Pseudomonas fluorescens Pf0-1 a concorrenti batterici filogeneticamente diversi

Risposte trascrizionali e antagonistiche di Pseudomonas fluorescens Pf0-1 a concorrenti batterici filogeneticamente diversi

Soggetti batteri Ecologia della comunità Espressione genica Ecologia microbica Astratto La capacità dei batteri del suolo di competere con successo con una gamma di altre specie microbiche è cruciale per la loro crescita e sopravvivenza nell'ambiente del suolo limitato dai nutrienti. Nel presente lavoro, abbiamo studiato il comportamento e le risposte trascrizionali del Pseudomonas fluorescens che abita nel suolo e pongono Pf0-1 su agar poveri di nutrienti al confronto con ceppi di tre generi batterici filogeneticamente diversi, cioè Bacillo , Brevundimonas e Pedobacter . La

Analisi metatranscrittomica di batterioplancton marino raccolto e conservato autonomamente

Analisi metatranscrittomica di batterioplancton marino raccolto e conservato autonomamente

Soggetti Espressione genica Biooceanografia microbica trascrittomica Astratto L'attività microbica planctonica e la struttura della comunità sono dinamiche e possono cambiare radicalmente su scale temporali di ore o giorni. Tuttavia, per motivi logistici, questa scala temporale è generalmente sottocampionata nell'ambiente marino. A

La composizione della comunità microbica nei sedimenti resiste alla perturbazione causata dall'arricchimento dei nutrienti

La composizione della comunità microbica nei sedimenti resiste alla perturbazione causata dall'arricchimento dei nutrienti

Soggetti biodiversità biogeochimica Ecologia dell'ecosistema Ecologia microbica Astratto La ridondanza funzionale nelle comunità batteriche dovrebbe consentire agli assemblaggi microbici di sopravvivere alle perturbazioni consentendo la continuità delle funzioni nonostante i cambiamenti compositivi nelle comunità. Pr

Effetti dei trattamenti campione sul recupero del genoma tramite genomica a singola cellula

Effetti dei trattamenti campione sul recupero del genoma tramite genomica a singola cellula

Soggetti Genomica batterica metagenomica Astratto La genomica a singola cellula è un potente strumento per accedere alle informazioni genetiche da microrganismi non coltivati. I metodi di manipolazione dei campioni prima dell'amplificazione genomica a singola cellula possono influenzare la qualità dei genomi ottenuti.

I virus si accumulano nei centri di infezione dell'invecchiamento di un agente patogeno della foresta fungina

I virus si accumulano nei centri di infezione dell'invecchiamento di un agente patogeno della foresta fungina

Soggetti Ecologia microbica Una rettifica di questo articolo è stata pubblicata il 20 gennaio 2015 Questo articolo è stato aggiornato Astratto Si ritiene che i virus fungini (micovirus) con genomi di RNA siano privi di particelle infettive extracellulari. Questi virus vengono trasmessi lateralmente tra i ceppi fungini attraverso le anastomosi miceliali o verticalmente attraverso le loro spore infette, ma si sa poco sulla loro prevalenza e sui modelli di dispersione in condizioni naturali.

Gli assemblaggi ricchi di specie di tintinnidi (protisti planctonici marini) sono strutturati in base alle dimensioni della bocca

Gli assemblaggi ricchi di specie di tintinnidi (protisti planctonici marini) sono strutturati in base alle dimensioni della bocca

Soggetti biodiversità Ecologia microbica Tassonomia Astratto Molti taxa microbici nel plancton marino sembrano super saturi nella ricchezza delle specie. Qui, forniamo una spiegazione parziale analizzando come sono organizzate le specie, impaccando le specie, in termini sia di tassonomia che di morfologia.

La connettività alla superficie determina i modelli di diversità nelle falde acquifere sotterranee dello scudo fennoscandiano

La connettività alla superficie determina i modelli di diversità nelle falde acquifere sotterranee dello scudo fennoscandiano

Soggetti Comunità microbiche Reti ecologiche Ecologia microbica L'articolo originale è stato pubblicato il 29 marzo 2016 Correzione a: The ISME Journal (2016) 10, XX – XX; doi: 10.1038 / ismej.2016.36 Aggiornato online il 9 giugno 2016: questo articolo è stato originariamente pubblicato sotto Licenza di pubblicazione NPG, ma ora è stato reso disponibile con una licenza CC BY-NC-ND 4.0. Le

Somiglianze e variazioni stagionali nelle comunità batteriche dal sangue dei roditori e dai loro vettori delle pulci

Somiglianze e variazioni stagionali nelle comunità batteriche dal sangue dei roditori e dai loro vettori delle pulci

Soggetti Ecologia della comunità Astratto I microbi trasmessi da vettori sono soggetti ai vincoli ecologici di due microambienti distinti: quello nel vettore degli artropodi e quello nel sangue del suo ospite vertebrato. Poiché la struttura delle comunità batteriche in questi due microambienti può influire sostanzialmente sull'abbondanza di microbi trasmessi da vettori, è importante comprendere la relazione tra le comunità batteriche in entrambi i microambienti e i determinanti che li modellano. Abbi

Fenologia dei batteri pelagici ad alta elevazione: ruoli di variabilità meteorologica, input di captazione e stratificazione termica nelle comunità strutturanti

Fenologia dei batteri pelagici ad alta elevazione: ruoli di variabilità meteorologica, input di captazione e stratificazione termica nelle comunità strutturanti

Astratto Molte comunità eucariotiche mostrano stagionalità prevedibile nella composizione delle specie, ma tali modelli fenologici non sono ben documentati nelle comunità batteriche. Questo studio ha quantificato la variazione stagionale della composizione comunitaria del batterioplancton in un lago ad alta quota nella Sierra Nevada della California per un periodo di 3 anni dal 2004 al 2006. I

Risposte trascrizionali indotte dalla luce associate alla crescita di proteorodopsina potenziata in un flavobatterio marino

Risposte trascrizionali indotte dalla luce associate alla crescita di proteorodopsina potenziata in un flavobatterio marino

Soggetti Biooceanografia microbica Ecologia microbica fotobiologia trascrittomica Astratto Proteorhodopsin (PR) è una fotoproteina che funziona come una pompa protonica guidata dalla luce in diversi batteri marini e archaea. Studi recenti hanno suggerito che le PR possono aumentare sia il tasso di crescita che la resa in alcuni flavobatteri se coltivate in condizioni di limitazione dei nutrienti alla luce.

I coralli rilasciano batteri come potenziale meccanismo di resilienza all'arricchimento della materia organica

I coralli rilasciano batteri come potenziale meccanismo di resilienza all'arricchimento della materia organica

Astratto Comprendere i meccanismi di resilienza delle barriere coralline ai fattori di stress antropogenici è un passo fondamentale verso l'attenuazione del loro attuale declino globale. Le associazioni corallo-batteriche sono fondamentali per la salute e la malattia della barriera corallina, ma le osservazioni dirette di queste interazioni rimangono in gran parte inesplorate.

Rilevazione discriminatoria ed enumerazione della vita microbica nei sedimenti sottomarini marini

Rilevazione discriminatoria ed enumerazione della vita microbica nei sedimenti sottomarini marini

Astratto Il rilevamento e l'enumerazione della vita microbica negli ambienti naturali forniscono informazioni fondamentali sull'estensione della biosfera sulla Terra. Tuttavia, è stato a lungo difficile valutare l'abbondanza di cellule microbiche negli habitat sedimentari poiché il legame non specifico del colorante fluorescente e / o l'auto-fluorescenza dalle particelle di sedimento ostacola fortemente il riconoscimento dei segnali derivati ​​dalle cellule. Qui,

I microrganismi persistono a profondità record nel sottosuolo del bacino di Canterbury

I microrganismi persistono a profondità record nel sottosuolo del bacino di Canterbury

Soggetti Biooceanography Ecologia microbica L'articolo originale è stato pubblicato il 16 gennaio 2014 Correzione a: The ISME Journal (2014) 8 , 1370-1380; doi: 10.1038 / ismej.2013.250; pubblicato online il 16 gennaio 2014 Dalla pubblicazione di questo articolo, è venuto a conoscenza degli autori che il numero di accesso allo studio depositato nell'Archivio di lettura sequenziale è stato omesso dall'articolo. I

Una nicchia di replica intracellulare per Vibrio cholerae nell'ameba Acanthamoeba castellanii

Una nicchia di replica intracellulare per Vibrio cholerae nell'ameba Acanthamoeba castellanii

Soggetti Batteriologia Microbiologia dell'acqua Astratto Il vibrio cholerae è un patogeno umano e l'agente eziologico del colera. La persistenza di questo batterio negli ambienti acquatici è una preoccupazione epidemiologica chiave, poiché il colera viene trasmesso attraverso l'acqua contaminata. I

Diversità batterica in relazione alla produzione secondaria e alla successione sulle superfici del fuco Laminaria hyperborea

Diversità batterica in relazione alla produzione secondaria e alla successione sulle superfici del fuco Laminaria hyperborea

Soggetti Secrezione batterica biodiversità Ecologia forestale Ecologia microbica Astratto Le foreste di alghe di tutto il mondo sono conosciute come punti caldi per la biodiversità macroscopica e la produzione primaria, ma si sa molto poco sulla biodiversità e sui ruoli dei microrganismi in questi ecosistemi. L

Diversità e analisi funzionale dei geni luxS in Vibrios da spugne marine Mycale laxissima e Ircinia strobilina

Diversità e analisi funzionale dei geni luxS in Vibrios da spugne marine Mycale laxissima e Ircinia strobilina

Soggetti biodiversità Biooceanografia microbica Ecologia microbica Simbiosi Astratto Le spugne ospitano comunità microbiche molto diverse e dense, fornendo un ambiente in cui la segnalazione batterica può essere importante. Il quorum sensing (QS) è un processo di segnalazione dipendente dalla densità cellulare che i batteri impiegano per coordinare e regolare la loro espressione genica. Pre

Metabolismo a livello di sistema della flora Schaedler alterata, un microbiota intestinale completo

Metabolismo a livello di sistema della flora Schaedler alterata, un microbiota intestinale completo

Soggetti batteri Comunità microbiche Astratto L'alterata flora di Schaedler (ASF) è una comunità microbica modello con rilevanza sia in vivo che in vitro . Qui forniamo la prima caratterizzazione della comunità ASF in vitro , indipendente da un ospite murino. Abbiamo confrontato il contenuto genetico funzionale dell'ASF con metagenomi murini selvatici e abbiamo scoperto che l'ASF rappresenta funzionalmente i microbiomi selvatici meglio dei consorzi casuali di composizione tassonomica simile. Ab

Batteri eterotrofi che fissano l'azoto attivo nella e sotto la chemocline del Mar Baltico centrale

Batteri eterotrofi che fissano l'azoto attivo nella e sotto la chemocline del Mar Baltico centrale

Soggetti Biooceanography Ecologia microbica Astratto Il Mar Baltico riceve grandi input di azoto da cianobatteri eterocisti di tipo diazotrofico (correzione di N 2 ) ma il significato della fissazione eterotrofica di N 2 non è stato studiato. Qui, è stata esaminata la diversità, l'abbondanza e la trascrizione del frammento nifH dell'enzima nitrogenasi in due bacini del Mar Baltico. L

Studi fisiologici ed evolutivi dei sistemi NAP in Shewanella piezotolerans WP3

Studi fisiologici ed evolutivi dei sistemi NAP in Shewanella piezotolerans WP3

Soggetti Evoluzione batterica Geni batterici Fisiologia batterica Astratto La maggior parte delle specie di Shewanella contiene due nitrati periplasmatici reduttasi (NAP-α e NAP-β), che è una caratteristica unica di questo genere. Nel presente studio, la funzione fisiologica e la relazione evolutiva dei due sistemi NAP sono state studiate nel batterio di profondità Shewanella piezotolerans WP3. En

Maggiore diversità e abbondanza di microrganismi denitrificanti negli ambienti rispetto a quanto considerato in precedenza

Maggiore diversità e abbondanza di microrganismi denitrificanti negli ambienti rispetto a quanto considerato in precedenza

Soggetti Microbiologia del suolo Astratto La denitrificazione è un processo importante nel ciclo globale dell'azoto. I geni che codificano NirK e NirS ( nirK e nirS ), che catalizzano la riduzione del nitrito in ossido nitrico, sono stati usati come geni marker per studiare il comportamento ecologico dei denitrifiers negli ambienti.

Il campionamento spazialmente risolto rivela comunità microbiche dinamiche in aumento di pennacchi idrotermali attraverso un bacino ad arco posteriore

Il campionamento spazialmente risolto rivela comunità microbiche dinamiche in aumento di pennacchi idrotermali attraverso un bacino ad arco posteriore

Soggetti biogeochimica Ecologia microbica Astratto All'interno di pennacchi idrotermali, i processi chemiosintetici e le interazioni microbo-minerali guidano la produttività primaria nelle reti alimentari degli oceani profondi e possono influenzare il trasporto di elementi come il ferro. Tuttavia, la fonte di microrganismi nei pennacchi e i fattori che regolano il modo in cui queste comunità si riuniscono sono scarsamente compresi, in parte a causa della mancanza di dati dalle prime fasi della formazione del pennacchio.

Il cross-talk mediato dal segnale modula lo sciame e la formazione di biofilm in un patogeno di corallo Serratia marcescens

Il cross-talk mediato dal segnale modula lo sciame e la formazione di biofilm in un patogeno di corallo Serratia marcescens

Soggetti Comportamento animale batteri Biooceanografia microbica Simbiosi Astratto Le interazioni all'interno delle comunità microbiche associate agli olobionti marini contribuiscono in modo importante alla salute di questi organismi simbiotici formati da invertebrati, dinoflagellati e batteri. Tuttavia, i meccanismi che controllano il microbiota associato agli invertebrati non sono ancora completamente compresi.

Prostaglandine simili ad animali nelle microalghe marine

Prostaglandine simili ad animali nelle microalghe marine

Soggetti Ecologia molecolare trascrittomica Astratto Le diatomee sono tra i principali produttori di maggior successo negli ambienti oceanici e di acqua dolce. Derivanti da un evento endosimbiotico secondario, le diatomee hanno un genoma misto contenente geni batterici, animali e vegetali che codificano per le vie metaboliche che possono spiegare il loro successo evolutivo

Marcata stagionalità e elevata variabilità spaziale delle comunità protiste nei sistemi di acqua dolce poco profondi

Marcata stagionalità e elevata variabilità spaziale delle comunità protiste nei sistemi di acqua dolce poco profondi

Soggetti Microbiologia dell'acqua Astratto I piccoli eucarioti hanno ruoli chiave negli ecosistemi acquatici, influenzando il loro ambiente locale, i cicli biogeochimici globali e il clima. Il loro impatto dipende dalla struttura della comunità, che varia nel tempo. Tuttavia, pochissimi studi tengono conto della variazione temporale.

Comunità fungine da sedimenti marini di acque profonde contenenti metano idrato nel Mar Cinese Meridionale

Comunità fungine da sedimenti marini di acque profonde contenenti metano idrato nel Mar Cinese Meridionale

Astratto Per chiarire la diversità fungina nei sedimenti marini marini profondi contenenti idrato di metano nel Mar Cinese Meridionale, sono state amplificate e filogeneticamente analizzate le regioni di distanziatori trascritti (ITS) interni di geni di rRNA da cinque diversi campioni di DNA di sedimenti.

Esistono comunità procariote altamente strutturate nello scheletro delle colonie di coralli

Esistono comunità procariote altamente strutturate nello scheletro delle colonie di coralli

Soggetti biodiversità Microbiologia ambientale Ecologia microbica microbiome Astratto Le prestazioni fisiologiche, la prevalenza di malattie e decolorazione sono spesso irregolari all'interno delle singole colonie di corallo. Queste risposte sono in gran parte influenzate dai microbi associati al corallo, ma il modo in cui il microbioma del corallo cambia su piccole scale spaziali non è mai stato quantificato prima.

Impronta metabolica dei batteri epifiti sulle foglie di Arabidopsis thaliana

Impronta metabolica dei batteri epifiti sulle foglie di Arabidopsis thaliana

Soggetti Arabidopsis thaliana metabolomica Ecologia microbica Fisiologia vegetale Astratto La fillosfera, che è definita come le parti delle piante terrestri dal suolo, è un grande habitat per diversi microrganismi che mostrano un alto grado di adattamento al loro ambiente. Numerose ipotesi sono state generate da studi di genomica funzionale indipendenti dalla cultura per spiegare la competitività di batteri specializzati nella fillosfera. A

Insolita diversità metabolica delle comunità microbiche iperalcalifiliche associate alla serpentinizzazione sotterranea presso The Cedars

Insolita diversità metabolica delle comunità microbiche iperalcalifiliche associate alla serpentinizzazione sotterranea presso The Cedars

Soggetti biodiversità biogeochimica Astratto L'acqua delle sorgenti dei Cedri che fuoriesce da rocce ultramafiche serpentinizzate presenta condizioni altamente basiche (pH = ~ 12), altamente riducenti ( E h <−550 mV) con basse concentrazioni ioniche. Queste condizioni rendono le molle estremamente impegnative per la vita. Q

Gli aptophytes mixotrofici sono i principali pascoli batterici nelle acque costiere oligotrofiche

Gli aptophytes mixotrofici sono i principali pascoli batterici nelle acque costiere oligotrofiche

Soggetti Biooceanography Ecologia microbica Astratto Le stime della velocità di pascolo indicano che circa la metà del batterivoro negli oceani oligotrofici è dovuta a flagellati mixotrofici (MF). Tuttavia, la maggior parte delle stime ha considerato le alghe come un singolo gruppo. Qui abbiamo mirato ad aprire la scatola nera dei fitoflagellati (PF) <20 μm. Gl

Tolleranza allo stress nelle piante tramite simbiosi adattata all'habitat

Tolleranza allo stress nelle piante tramite simbiosi adattata all'habitat

Astratto Dimostriamo che le specie di erbe autoctone provenienti da habitat costieri e geotermici richiedono endofiti fungini simbiotici rispettivamente per la tolleranza al sale e al calore. La tolleranza allo stress conferita simbioticamente è un fenomeno specifico dell'habitat con endofiti geotermici che conferiscono calore ma non tolleranza al sale, ed endofiti costieri che conferiscono sale ma non tolleranza al calore.

La comunità fungina sulla lettiera in decomposizione subisce rapidi cambiamenti di successione

La comunità fungina sulla lettiera in decomposizione subisce rapidi cambiamenti di successione

Soggetti Ecologia dell'ecosistema Ecologia forestale Ecologia fungina Astratto I funghi sono considerati i principali decompositori della biomassa delle piante morte negli ecosistemi terrestri. Tuttavia, le attuali conoscenze relative ai successivi cambiamenti nelle comunità fungine durante la decomposizione dei rifiuti sono limitate.

Batteri contenenti magnetosomi che vivono come simbionti di bivalvi

Batteri contenenti magnetosomi che vivono come simbionti di bivalvi

Soggetti metagenomica Simbiosi Astratto I batteri contenenti magnetosomi (nanoparticelle di magnetite o greigite legate alle proteine) sono comuni a molti habitat sedimentari, ma non sono mai stati trovati prima di vivere in un altro organismo. Qui, mostriamo che le inclusioni ottaedriche nei simbionti extracellulari del bivalve marino Thyasira cfr

L'analisi approfondita delle reti batteriche marine suggerisce una propagazione verso il basso dei cambiamenti temporali

L'analisi approfondita delle reti batteriche marine suggerisce una propagazione verso il basso dei cambiamenti temporali

Soggetti Ecologia microbica Astratto Si ritiene che le interazioni tra i microbi e la stratificazione attraverso le profondità siano importanti motori delle comunità microbiche, anche se si sa poco su come le associazioni microbiche differiscono tra e attraverso le profondità. Abbiamo monitorato la comunità microbica vivente nella stazione della serie temporale di San Pedro Ocean, mensilmente, per un decennio, a cinque diverse profondità: 5 m, lo strato massimo di clorofilla profonda, 150 m, 500 me 890 m (appena sopra il fondo del mare). Qui

Assemblaggio diretto di un quorum batterico

Assemblaggio diretto di un quorum batterico

Soggetti Microbiologia applicata Astratto Numerose segnalazioni hanno chiarito i meccanismi e le conseguenze del rilevamento del quorum batterico (QS), un sistema di comunicazione molecolare attraverso il quale le cellule batteriche enumerano la loro densità cellulare e organizzano il comportamento collettivo.

Biodisponibilità del ferro al fitoplancton: un approccio empirico

Biodisponibilità del ferro al fitoplancton: un approccio empirico

Soggetti Biooceanography Ecologia microbica Astratto Il fitoplancton è spesso limitato dal ferro negli ambienti acquatici. Qui esaminiamo la biodisponibilità del Fe al fitoplancton analizzando l'assorbimento di ferro da vari substrati del Fe da parte di diverse specie di fitoplancton coltivate in condizioni di limitazione del Fe e confrontando le costanti del tasso di assorbimento misurato (tasso di assorbimento del Fe / concentrazione del substrato).

L'antagonismo influenza l'assemblaggio di una gilda Bacillus in una comunità locale ed è raffigurato come una rete di catene alimentari

L'antagonismo influenza l'assemblaggio di una gilda Bacillus in una comunità locale ed è raffigurato come una rete di catene alimentari

Soggetti batteri Catene alimentari Astratto Comprendere i principi che regolano gli assemblaggi di comunità è un obiettivo centrale dell'ecologia. Esistono prove sperimentali limitate in contesti naturali che mostrano che l'assemblaggio microbico nelle comunità è influenzato da interazioni antagonistiche. Ab

La genomica comparata di due ecotipi del copiotrofio planctonico marino Alteromonas macleodii suggerisce stili di vita alternativi associati a diversi tipi di materia organica particellare

La genomica comparata di due ecotipi del copiotrofio planctonico marino Alteromonas macleodii suggerisce stili di vita alternativi associati a diversi tipi di materia organica particellare

Astratto Alteromonas macleodii è un comune eterotrofico marino γ-proteobacterium. Isola da questo cluster di microbi mediante analisi molecolare in due principali gruppi genotipici o ecotipi, uno trovato a latitudini temperate nella colonna d'acqua superiore e un altro che si trova per lo più nella colonna di acque profonde del Mediterraneo. Q

I produttori di rizobitoxina ottengono più poli-3-idrossibutirrato in simbiosi rispetto alla rizobia concorrente, ma riducono la crescita delle piante

I produttori di rizobitoxina ottengono più poli-3-idrossibutirrato in simbiosi rispetto alla rizobia concorrente, ma riducono la crescita delle piante

Astratto Le sanzioni contro i legumi contro la rizobia che fissano meno azoto dovrebbero esercitare una forte selezione per genotipi più benefici della rizobia, ma i ceppi che forniscono pochi benefici all'ospite sono comuni. Uno dei motivi potrebbe essere che una certa rizobia manipola chimicamente l'ospite, minando l'efficacia delle sanzioni.

I disperdenti chimici aumentano l'attività dei batteri marini che degradano la condensa di petrolio e gas

I disperdenti chimici aumentano l'attività dei batteri marini che degradano la condensa di petrolio e gas

Soggetti metagenomica Ecologia microbica Sequenziamento di prossima generazione trascrittomica Astratto L'applicazione di disperdenti chimici alle fuoriuscite di petrolio nell'ambiente marino è una pratica comune per disperdere l'olio nella colonna d'acqua e stimolare la biodegradazione dell'olio aumentando la sua biodisponibilità verso batteri indigeni in grado di metabolizzare naturalmente gli idrocarburi.

I batteri attivi della nucleazione del ghiaccio nelle precipitazioni sono geneticamente diversi e nucleano il ghiaccio impiegando diversi meccanismi

I batteri attivi della nucleazione del ghiaccio nelle precipitazioni sono geneticamente diversi e nucleano il ghiaccio impiegando diversi meccanismi

Soggetti Microbiologia aerea Batteriologia biodiversità Astratto Un corpus crescente di prove circostanziali suggerisce che i batteri attivi di nucleazione del ghiaccio (Ice + ) contribuiscono all'avvio delle precipitazioni mediante il congelamento eterologo dell'acqua super-raffreddata nelle nuvole.

L'infezione da Yersinia pestis e le condizioni di laboratorio alterano le comunità batteriche associate alle pulci

L'infezione da Yersinia pestis e le condizioni di laboratorio alterano le comunità batteriche associate alle pulci

Soggetti Risposta dell'ospite batterico Infezione batterica Ecologia microbica Astratto Abbiamo raccolto Oropsylla montana da scoiattoli di roccia, Spermophilus varigatus e abbiamo infettato un sottogruppo di pulci raccolte con Yersinia pestis , l'agente eziologico della peste. Abbiamo usato la pirosequenziazione del DNA con etichetta a barre per caratterizzare le comunità batteriche di controlli selvaggi, non infetti e pulci infette.

Caratteristiche del genoma di un lignaggio batterico marino generalista

Caratteristiche del genoma di un lignaggio batterico marino generalista

Soggetti Ecologia evolutiva Microbiologia marina Phylogenomics Astratto I membri del lignaggio Roseobacter marino sono stati caratterizzati come generalisti ecologici, suggerendo che ci saranno sfide nell'assegnare ruoli fiscali e funzioni biogeochimiche ben delineati al taxon. Per affrontare questo problema, sono state analizzate le sequenze del genoma di 32 isolati di Roseobacter per i modelli nelle caratteristiche del genoma, nell'inventario dei geni e nella distribuzione di singoli geni / percorsi utilizzando tre quadri predittivi: correlazione filogenetica, strategia di stile di vi

La diversità di protisti e batteri determina le prestazioni e la stabilità della predazione

La diversità di protisti e batteri determina le prestazioni e la stabilità della predazione

Soggetti batteri Catene alimentari Ecologia microbica Astratto La predazione influenza la diversità e la produttività delle prede mentre effettua il flusso e la riallocazione dei nutrienti organici nella biomassa a livelli trofici più elevati. Tuttavia, non è noto come i protisti batterivori siano influenzati dalla diversità delle loro prede batteriche. Uti

Plasticità fenotipica nelle comunità microbiche marine eterotrofe in colture continue

Plasticità fenotipica nelle comunità microbiche marine eterotrofe in colture continue

Soggetti Ecologia microbica Astratto La plasticità fenotipica (PP) è lo sviluppo di fenotipi alternativi di un dato taxon come adattamento alle condizioni ambientali. Limitazioni metodologiche hanno limitato la quantificazione del PP alla misurazione di alcuni tratti nei singoli organismi. Abbiamo usato le librerie metatranscrittomiche per superare queste sfide e stimare la PP usando i geni espressi di molteplici organismi eterotrofi come proxy per i tratti in una comunità microbica. I

Il concetto di virocell e microbiologia ambientale

Il concetto di virocell e microbiologia ambientale

Soggetti Microbiologia ambientale Virologia Il grande ritorno dei virus L'enumerazione di particelle virali in campioni ambientali mediante microscopia elettronica a fluorescenza e microscopia elettronica a trasmissione ha suggerito che i virus rappresentano le entità biologiche più abbondanti sul nostro pianeta.

Abbondanza, composizione, diversità e novità dei proteobatteri del suolo

Abbondanza, composizione, diversità e novità dei proteobatteri del suolo

Astratto I sondaggi genici di rRNA di piccole subunità (16S) che generano cloni di rRNA 16S quasi a lunghezza intera offrono un'opportunità unica per un'analisi filogenetica approfondita per evidenziare l'ampiezza della diversità all'interno di vari importanti phyla batterici incontrati nel suolo. Q

Collegamenti tra comunità vegetali e fungine attraverso una cronosquenza di deforestazione nella foresta pluviale amazzonica

Collegamenti tra comunità vegetali e fungine attraverso una cronosquenza di deforestazione nella foresta pluviale amazzonica

Soggetti biodiversità Ecologia della comunità Ecologia fungina Ecologia delle piante Una rettifica di questo articolo è stata pubblicata il 24 giugno 2014 Questo articolo è stato aggiornato Astratto Comprendere le interazioni tra comunità microbiche, comunità vegetali e proprietà del suolo a seguito della deforestazione potrebbe fornire spunti sugli effetti a lungo termine del cambiamento nell'uso del suolo sulle funzioni dell'ecosistema e aiutare a identificare approcci che promuovono il recupero di siti degradati. Abbia

Caratteristiche genomiche inattese nei batteri intracellulari diffusi: prove della motilità delle clamidie marine

Caratteristiche genomiche inattese nei batteri intracellulari diffusi: prove della motilità delle clamidie marine

Soggetti Evoluzione batterica Genomica batterica Simbiosi Astratto Le clamidie sono batteri intracellulari obbligati che comprendono importanti agenti patogeni umani e simbionti di protisti. Le prove molecolari indicano un'enorme diversità di clamidie in particolare negli ambienti marini, ma le nostre attuali conoscenze si basano principalmente su rappresentanti terrestri.

Intuizioni genomiche di SAR86, una discendenza batterica marina abbondante e non coltivata

Intuizioni genomiche di SAR86, una discendenza batterica marina abbondante e non coltivata

Astratto I batteri nel clade r86 di SAR 16S sono tra i costituenti non coltivati ​​più abbondanti di assemblaggi microbici nell'oceano di superficie per i quali sono attualmente disponibili poche informazioni genomiche. Sono state utilizzate tecniche bioinformatiche per assemblare due genomi quasi completi da metagenomi marini e il sequenziamento a singola cellula ha fornito altri due genomi parziali. Il

I batteri "specifici per la spugna" sono diffusi (ma rari) in diversi ambienti marini

I batteri "specifici per la spugna" sono diffusi (ma rari) in diversi ambienti marini

Soggetti biodiversità Microbiologia marina Astratto Numerosi studi hanno segnalato l'esistenza di cluster di sequenze geniche di RNA ribosomiale 16S specifici per spugna (rRNA), che rappresentano batteri trovati nelle spugne ma non rilevati in altri ambienti, come l'acqua di mare. L'avvento delle tecnologie di sequenziamento profondo ci consente di esaminare la rara biosfera microbica al fine di stabilire se questi batteri sono veramente specifici per la spugna o se sono più ampiamente distribuiti ma solo ad abbondanze al di sotto del limite di rilevazione degli approcci molecolari

Espressione in situ di proteine ​​eucariotiche legate al ghiaccio nelle comunità microbiche di ghiaccio marino artico e antartico

Espressione in situ di proteine ​​eucariotiche legate al ghiaccio nelle comunità microbiche di ghiaccio marino artico e antartico

Soggetti Comunità microbiche sequencing Microbiologia dell'acqua Astratto Le proteine ​​leganti il ​​ghiaccio (IBP) sono state isolate da vari organismi di ghiaccio marino. La loro caratterizzazione indica un ruolo cruciale nella protezione degli organismi in ambienti sotto zero. Tuttavia, la loro abbondanza e diversità in situ nelle comunità microbiche naturali di ghiaccio marino è in gran parte sconosciuta. In questo

Analisi evolutiva di una stirpe aerodinamica di roseobacter oceanici di superficie

Analisi evolutiva di una stirpe aerodinamica di roseobacter oceanici di superficie

Soggetti Genomica batterica Microbiologia marina Phylogenetics Astratto La stragrande maggioranza dei batteri oceanici di superficie non è coltivata. Rispetto ai loro parenti in coltura, esibiscono spesso un genoma ottimizzato, contenuto G + C ridotto e repertorio genetico distinto. Questi tratti genomici sono rilevanti per l'adattamento ambientale e generalmente si è pensato che si fissassero nelle popolazioni batteriche marine attraverso la selezione.

Contributi differenziali di ossidanti all'ammoniaca e ossidanti ai nitriti alla nitrificazione in quattro terreni di risaia

Contributi differenziali di ossidanti all'ammoniaca e ossidanti ai nitriti alla nitrificazione in quattro terreni di risaia

Soggetti Microbiologia del suolo Astratto Le risaie sono caratterizzate da inondazioni regolari e fecondazione di azoto, ma l'importanza funzionale degli ossidanti aerobici di ammoniaca e degli ossidanti ai nitriti sotto una gestione agricola unica è capita male. In questo studio, riportiamo i contributi differenziali di archaea ossidante all'ammoniaca (AOA), batteri (AOB) e batteri ossidanti nitrito (NOB) alla nitrificazione in quattro risaie provenienti da diverse regioni geografiche (Zi-Yang (ZY), Jiang- Du (JD), Lei-Zhou (LZ) e Jia-Xing (JX)) che sono rappresentativi degli ecosistem

La biodiversità delle comunità microbiche bentoniche nei sedimenti costieri bioturbati è controllata da microniches geochimici

La biodiversità delle comunità microbiche bentoniche nei sedimenti costieri bioturbati è controllata da microniches geochimici

Astratto Abbiamo utilizzato una combinazione di approcci di campo e di laboratorio per affrontare il modo in cui l'attività di bioturbazione di due crostacei, il gambero fantasma Neotrypaea californiensis e il granchio violinista Uca crenulata , influenza la diversità microbica nel fondo marino di una laguna costiera (Porto di Catalina, Isola di Santa Catalina, CA, USA).

Un raro clone fosmidico SAR11 che conferma la variabilità genetica nel genoma "Candidatus Pelagibacter ubique"

Un raro clone fosmidico SAR11 che conferma la variabilità genetica nel genoma "Candidatus Pelagibacter ubique"

Astratto Viene descritta un'analisi di sequenza di un clone fosmidico proveniente da una libreria metagenomica marina costiera che contiene un gene rSRS 16S con elevata somiglianza di sequenza con quello del batterio SAR11 " Candidatus Pelagibacter ubique" HTCC1062. La sequenza del clone fosmid era di 32 086 bp di lunghezza e conteneva 23 187 bp della regione iper-variabile 2 (HVR2) di 48 kb presente nel genoma di ' Cand

La ricostruzione genomica di molteplici lignaggi di archaea bentonici non coltivati ​​suggerisce ruoli biogeochimici distinti e nicchie ecologiche

La ricostruzione genomica di molteplici lignaggi di archaea bentonici non coltivati ​​suggerisce ruoli biogeochimici distinti e nicchie ecologiche

Soggetti Archaea Microbiologia ambientale Ecologia microbica Una rettifica di questo articolo è stata pubblicata il 21 marzo 2017 Astratto I bidoni genomici appartenenti a più lignaggi arcaici sono stati recuperati da distinti regimi redox nei sedimenti dell'estuario del fiume White Oak. I genomi archaeal ricostruiti sono stati identificati come appartenenti ai sottogruppi di grappoli di riso III e V (RC-III, RC-V), il Marine Benthic Group D (MBG-D) e una classe arcaea appena descritta, la Teionarchaea.

Significativa fissazione di CO2 da parte di piccoli prymnesiophytes nell'Oceano Atlantico nord-orientale subtropicale e tropicale

Significativa fissazione di CO2 da parte di piccoli prymnesiophytes nell'Oceano Atlantico nord-orientale subtropicale e tropicale

Soggetti Biooceanografia microbica Ecologia microbica L'articolo originale è stato pubblicato il 15 aprile 2010 Correzione a: The ISME Journal (2010) 4 , 1180-1192; doi: 10.1038 / ismej.2010.36 Dalla pubblicazione di questo articolo gli autori hanno notato che le unità per i tassi di fissazione della CO 2 specifici per la biomassa sono errate (ad esempio, nella Tabella 2 e nella Figura 4).

Il composto di sansa d'uva ospita specie Dehalogenimonas che rispettano l'organoalide con nuovi geni riduttori di delogenasi

Il composto di sansa d'uva ospita specie Dehalogenimonas che rispettano l'organoalide con nuovi geni riduttori di delogenasi

Soggetti Microbiologia applicata Bonifica dell'inquinamento Microbiologia del suolo Astratto I batteri che rispettano gli organanoalidi hanno ruoli chiave nel ciclo naturale del cloro; tuttavia, la maggior parte delle conoscenze attuali si basa su colture provenienti da ambienti contaminati. Dimostriamo che il composto di vinacce di uva senza una precedente esposizione a solventi clorurati ospita una specie Dehalogenimonas ( Dhgm ) in grado di utilizzare eteni clorurati, incluso l' agente cancerogeno umano e il comune cloruro di vinile (VC) inquinante delle acque sotterranee come accett

La fosfatasi alcalina PhoX è più ampiamente distribuita nei batteri marini rispetto alla classica PhoA

La fosfatasi alcalina PhoX è più ampiamente distribuita nei batteri marini rispetto alla classica PhoA

Astratto Il fosforo (P) è un nutriente vitale per tutti gli organismi viventi e può controllare la crescita dei batteri nell'oceano. I batteri inducono fosfatasi alcaline quando il fosfato inorganico (P i ) è insufficiente per soddisfare i loro requisiti P, e pertanto sono state utilizzate misurazioni di attività di fosfatasi alcalina sfusa per valutare lo stato P degli assemblaggi microbici. In

Resilienza dell'ecosistema del sottosuolo: l'attenuazione a lungo termine dei contaminanti del sottosuolo supporta una comunità microbica dinamica

Resilienza dell'ecosistema del sottosuolo: l'attenuazione a lungo termine dei contaminanti del sottosuolo supporta una comunità microbica dinamica

Astratto La propensione degli ecosistemi delle acque sotterranee a riprendersi dalla contaminazione da sostanze chimiche organiche (in questo caso, rifiuti di catrame di carbone) è di vitale importanza per gli scienziati e gli ingegneri che gestiscono i siti inquinati. Anche i processi di pulizia mediati microbicamente sono di interesse per gli ecologi perché sono un meccanismo importante per la resilienza degli ecosistemi.

Suddivisione delle risorse in relazione alla convivenza delle specie Lactobacillus nella foresta del topo

Suddivisione delle risorse in relazione alla convivenza delle specie Lactobacillus nella foresta del topo

Astratto L'analisi filogenetica delle comunità intestinali di vertebrati è avanzata, ma le relazioni, soprattutto a livello trofico, tra i commensali che condividono gli habitat intestinali degli animali monogastrici non sono state studiate in alcun modo. Lactobacillus reuteri ceppo 100–23 e Lactobacillus johnsonii ceppo 100–33 convivono nella foresta dei topi. Seco

Approfondimenti sul metabolismo, lo stile di vita e la storia evolutiva putativa del romanzo phylum 'Diapherotrites'

Approfondimenti sul metabolismo, lo stile di vita e la storia evolutiva putativa del romanzo phylum 'Diapherotrites'

Soggetti Genomica arcaea Astratto Il phylum arcaico 'Diapherotrites' è stato recentemente proposto sulla base dell'analisi filogenomica dei genomi recuperati da una falda acquifera sotterranea in una miniera d'oro abbandonata (miniera di Homestake a Lead, SD, USA). Qui presentiamo un'analisi dettagliata delle capacità metaboliche e delle caratteristiche genomiche di tre genomi a singolo amplificato (SAG) appartenenti ai "Diaferotriti".

Elevati tassi di denitrificazione e rimozione dei nitrati nei sedimenti a filtrazione fredda

Elevati tassi di denitrificazione e rimozione dei nitrati nei sedimenti a filtrazione fredda

Soggetti biofilm biogeochimica Biooceanografia microbica Astratto Abbiamo misurato i tassi di denitrificazione e di rimozione dei nitrati nei sedimenti a filtrazione fredda del Golfo del Messico. I tassi di denitrificazione del potenziale eterotrofico sono stati analizzati nelle incubazioni di serie temporali

L'interruzione del trasporto di carbonio radicale nell'humus forestale stimola gli opportunisti fungini a spese dei funghi micorrizici

L'interruzione del trasporto di carbonio radicale nell'humus forestale stimola gli opportunisti fungini a spese dei funghi micorrizici

Soggetti Ecologia forestale Ecologia fungina Astratto I funghi ectomicorrizici dominano gli strati di humus delle foreste boreali. Dipendono dai carboidrati che vengono traslocati attraverso le radici, attraverso il micelio fungino verso i micrositi nel terreno, in cui foraggiano per i nutrienti. I funghi micorrizici sono quindi sensibili a disturbi dirompenti che possono limitare la loro fornitura di carbonio

Lo stress dell'habitat avvia cambiamenti nella composizione, nello scambio di gas CO2 e nell'assegnazione di C come tratti vitali nelle croste biologiche del suolo

Lo stress dell'habitat avvia cambiamenti nella composizione, nello scambio di gas CO2 e nell'assegnazione di C come tratti vitali nelle croste biologiche del suolo

Soggetti ecofisiologia Microbiologia del suolo Astratto Le croste biologiche del suolo (BSC) sono l'unità di vegetazione funzionale dominante in alcuni degli habitat più difficili del mondo. Abbiamo valutato la risposta della BSC allo stress attraverso i cambiamenti nella composizione biotica, lo scambio di gas CO 2 e l'allocazione del carbonio in tre BSC dominate dai licheni da habitat con diversi livelli di stress, due siti più estremi in Antartide e un sito moderato in Germania. L

I microcosmi microbici alimentati a metano mostrano dinamiche di comunità differenziali e individuano taxa coinvolti nella risposta comunitaria

I microcosmi microbici alimentati a metano mostrano dinamiche di comunità differenziali e individuano taxa coinvolti nella risposta comunitaria

Soggetti Microbiologia dell'acqua Astratto Riportiamo osservazioni sulla dinamica delle comunità batteriche in risposta allo stimolo del metano nelle incubazioni di microcosmo di laboratorio preparate con campioni di sedimenti lacustri. Abbiamo prima misurato le composizioni tassonomiche di colture di arricchimento a lungo termine e determinato che, sebbene dominate dai tipi di Methylococcaceae , queste culture contenevano anche tipi di accompagnamento appartenenti a un numero limitato di taxa batterici, metilotrofi e non metilotrofi.

Un'attrazione naturale degli odori tra i batteri dell'acido lattico e il nematode Caenorhabditis elegans

Un'attrazione naturale degli odori tra i batteri dell'acido lattico e il nematode Caenorhabditis elegans

Soggetti Ecologia molecolare Astratto I predatori di animali possono rintracciare le prede usando il loro acuto senso dell'olfatto. Il nematode battericida Caenorhabditis elegans impiega neuroni sensoriali olfattivi sensibili che esprimono i recettori degli odori simili a vertebrati per localizzare i batteri

Analisi metatranscrittomiche di clorofototrofi di un tappetino microbico a sorgente calda

Analisi metatranscrittomiche di clorofototrofi di un tappetino microbico a sorgente calda

Soggetti ecofisiologia Ecologia microbica Fotosintesi trascrittomica Astratto La comunità fototrofica di tappeti microbici di Mushroom Spring, una sorgente alcalina di acqua calda silicea nel Parco Nazionale di Yellowstone, è stata studiata con metodi metatranscrittomici. L'RNA è stato estratto da campioni mat raccolti in quattro punti temporali durante le transizioni da luce a buio e da buio a luce in un ciclo di diel e questi campioni di RNA sono stati analizzati sia con la tecnologia al pirosequenziamento che con le tecnologie SOLiD. I

Il microbioma del muco superficiale dei coralli ha un ruolo chiave nel mediare la salute dell'olobiont e la sopravvivenza in caso di disturbo

Il microbioma del muco superficiale dei coralli ha un ruolo chiave nel mediare la salute dell'olobiont e la sopravvivenza in caso di disturbo

Soggetti Ecologia microbica Astratto I microbi sono membri ben noti dell'olobiont di corallo. Tuttavia, si sa poco sulle dinamiche a breve termine delle comunità microbiche associate al muco in condizioni naturali e dopo i disturbi e su come queste dinamiche si relazionano con la salute dell'ospite.

The Hydrogenase Chip: una tecnica di microarray di DNA oligonucleotidico per piastrellatura per caratterizzare i microbi che producono idrogeno e che consumano acqua nelle comunità microbiche

The Hydrogenase Chip: una tecnica di microarray di DNA oligonucleotidico per piastrellatura per caratterizzare i microbi che producono idrogeno e che consumano acqua nelle comunità microbiche

Astratto Abbiamo sviluppato un metodo ad ampio raggio per identificare i microrganismi chiave che producono e consumano idrogeno attraverso l'analisi del contenuto e dell'espressione del gene idrogenasi in complesse comunità microbiche anaerobiche. Il metodo si basa su un microarray di DNA di oligonucleotide del gene dell'idrogenasi di piastrellatura (chip di idrogenasi), che implementa un elevato numero di sonde per gene piastrellando le sequenze di sonde attraverso i geni di interesse con una copertura di 1, 67 × –2 ×. Que

L'approccio sinbiotico ripristina l'omeostasi intestinale e prolunga la sopravvivenza nei topi leucemici con cachessia

L'approccio sinbiotico ripristina l'omeostasi intestinale e prolunga la sopravvivenza nei topi leucemici con cachessia

Soggetti Malattie intestinali microbiome Astratto La cachessia tumorale è una sindrome multifattoriale che include perdita di massa muscolare e infiammazione. Poiché i microbi intestinali influenzano l'immunità e il metabolismo dell'ospite, abbiamo studiato il ruolo del microbiota intestinale nella gestione terapeutica del cancro e della cachessia associata. U

Convergenza evolutiva nelle popolazioni sperimentali di Pseudomonas

Convergenza evolutiva nelle popolazioni sperimentali di Pseudomonas

Soggetti Genetica batterica biofilm Evoluzione Astratto I sistemi microbici modello offrono l'opportunità di comprendere le basi genetiche dei tratti ecologici, la loro evoluzione, regolazione e contributi fitness. Le popolazioni sperimentali di Pseudomonas fluorescens divergono rapidamente in microcosmi spazialmente strutturati producendo una gamma di forme di colonizzazione superficiale.

Prendimi se puoi: dispersione e foraggiamento del Bdellovibrioacteriovorus 109J lungo la micelia

Prendimi se puoi: dispersione e foraggiamento del Bdellovibrioacteriovorus 109J lungo la micelia

Soggetti Comunità microbiche Microbiologia ambientale Astratto Per far fronte ad ambienti eterogenei e alla distribuzione delle risorse, i funghi filamentosi hanno sviluppato una crescita spazialmente ampia che consente alle loro ife di penetrare nelle interfacce aria-acqua e attraversare i pori pieni d'aria.

Le vescicole di membrana in ambienti naturali: una grande sfida nell'ecologia virale

Le vescicole di membrana in ambienti naturali: una grande sfida nell'ecologia virale

Soggetti Ecologia microbica Virologia La produzione di vescicole extracellulari di membrana (di seguito chiamate MV) è una caratteristica cellulare universale, comune ai tre settori della vita (Deatherage e Cookson, 2012). In particolare, è noto da decenni che i batteri, comprese le specie marine, producono MV in laboratorio ma anche in biofilm o durante le infezioni (Schooling and Beveridge, 2006; Deatherage e Cookson, 2012).

Adattamento al freddo regolato dall'escissione criptica di prophage in Shewanella oneidensis

Adattamento al freddo regolato dall'escissione criptica di prophage in Shewanella oneidensis

Soggetti Microbiologia ambientale Ecologia microbica Astratto Tra gli stress ambientali subiti dai batteri, gli sbalzi di temperatura sono tra i più importanti. In questo studio, abbiamo scoperto un nuovo meccanismo di adattamento a freddo in Shewanella oneidensis che si verifica a livello del DNA ed è regolato dall'escissione criptica di prophage.

I methanosaeta acetoclastici sono metanogeni dominanti nei sedimenti marini antartici ricchi di organico

I methanosaeta acetoclastici sono metanogeni dominanti nei sedimenti marini antartici ricchi di organico

Soggetti biogeochimica Astratto Nonostante rappresenti la maggior parte del metano sedimentario, la fisiologia e la relativa abbondanza di metanogeni del sottosuolo rimangono poco conosciuti. Abbiamo combinato tecniche intatte di lipidi polari e metagenomi per limitare meglio la presenza e le funzioni dei metanogeni all'interno dei sedimenti altamente riducenti e ricchi di sostanze organiche del Bacino Adélie dell'Antartide.

I microcanali esopolisaccaridici dirigono la motilità batterica e organizzano il comportamento multicellulare

I microcanali esopolisaccaridici dirigono la motilità batterica e organizzano il comportamento multicellulare

Soggetti Comunità microbiche Astratto I mixobatteri sono una famiglia di batteri del suolo che formano biofilm di architettura complessa, sciami multistrato allineati o strutture corporee fruttiferi che sono aggregati semplici o ramificati contenenti mixospore. Qui, abbiamo esaminato il ruolo strutturale di matrice esopolisaccaridica (EPS) nell'organizzazione di queste cellule batteriche che vivono in superficie.

Dinamica di trasmissione di una malattia infettiva emergente nella fauna selvatica attraverso cicli riproduttivi dell'ospite

Dinamica di trasmissione di una malattia infettiva emergente nella fauna selvatica attraverso cicli riproduttivi dell'ospite

Soggetti Allevamento Infezione virale Trasmissione virale Astratto Le malattie infettive emergenti sono le principali minacce per le popolazioni selvatiche. Per migliorare la nostra comprensione della dinamica di queste malattie, abbiamo studiato in che modo il comportamento riproduttivo dell'ospite e la variazione stagionale della temperatura guidano la trasmissione di infezioni tra gli ospiti selvatici, usando il sistema modello della malattia da herpesvirus 3 (CyHV-3) nel carpa comune

Rimodellamento del trascrittoma batterico durante la co-coltura sequenziale con dinoflagellate marine e diatomee

Rimodellamento del trascrittoma batterico durante la co-coltura sequenziale con dinoflagellate marine e diatomee

Soggetti Biooceanography Ecologia microbica Astratto Nel loro ruolo di produttori primari, il fitoplancton marino modula le attività batteriche eterotrofe attraverso differenze nei tipi e nelle quantità di materia organica che rilasciano. Questo studio indaga la risposta trascrizionale del batterio Ruegeria pomeroyi , un membro del clade Roseobacter noto per essere affiliato con diversi gruppi di fitoplancton nell'oceano, durante uno spostamento della tassonomia del fitoplancton.

La metagenomica genetica mirata rivela un'ampia diversità di geni aromatici della diossigenasi nell'ambiente

La metagenomica genetica mirata rivela un'ampia diversità di geni aromatici della diossigenasi nell'ambiente

Astratto Comprendere il rapporto tra diversità genetica e funzione per importanti processi ambientali è un importante obiettivo di ricerca ecologica. Abbiamo applicato metagenomica e pirosequenziamento mirati ai geni ai geni della diossigenasi aromatica per ottenere una profondità di sequenza maggiore di quanto possibile con altri metodi. U

Esplorazione dei virus del DNA grande nucleo-citoplasmatico nei metagenomi microbici di Tara Oceans

Esplorazione dei virus del DNA grande nucleo-citoplasmatico nei metagenomi microbici di Tara Oceans

Soggetti metagenomica Biooceanografia microbica Astratto I grandi virus del DNA nucleocitoplasmatico (NCLDV) costituiscono un gruppo di virus eucariotici che possono avere ruoli ecologici cruciali nel mare accelerando il turnover dei loro ospiti unicellulari o causando malattie negli animali. Per caratterizzare meglio la diversità, l'abbondanza e la biogeografia dei NCLDV marini, abbiamo analizzato 17 metagenomi derivati ​​da campioni microbici (0, 2-1, 6 μm di dimensione) raccolti durante la spedizione di Tara Oceans. Il s

Catturare i taxa più ricercati attraverso correlazioni tra campioni

Catturare i taxa più ricercati attraverso correlazioni tra campioni

Soggetti Microbiologia applicata metagenomica Astratto Il Progetto Microbioma Umano (HMP) ha identificato le sequenze del gene 16S rRNA dei taxa "più ricercati", prevalenti nel microbiota umano sano ma distanti dalle sequenze precedentemente note. Dal 2012, pochi genomi corrispondenti sono stati isolati e sequenziati, e solo attraverso tecniche di isolamento avanzate.

L'evoluzione della divergenza metabolica in Pseudomonas aeruginosa durante l'infezione a lungo termine facilita un'interazione interspecie proto-cooperativa

L'evoluzione della divergenza metabolica in Pseudomonas aeruginosa durante l'infezione a lungo termine facilita un'interazione interspecie proto-cooperativa

Soggetti Ecologia microbica Astratto L'effetto delle interazioni polimicrobiche sulla fisiologia dei patogeni e su come può agire per limitare la colonizzazione dei patogeni o per potenziare l'espansione e la virulenza dei patogeni non sono ben chiari. Pseudomonas aeruginosa e Staphylococcus aureus sono agenti patogeni opportunistici che si trovano comunemente insieme nelle infezioni polimicrobiche nell'uomo.

L'inizio della colonizzazione dell'Escherichia coli induce il rimodellamento dell'epitelio del colon ratto che si sposta verso un nuovo stato omeostatico

L'inizio della colonizzazione dell'Escherichia coli induce il rimodellamento dell'epitelio del colon ratto che si sposta verso un nuovo stato omeostatico

Soggetti Colon microbiota Astratto Abbiamo studiato gli effetti dei primi batteri colonizzatori sull'epitelio del colon. Abbiamo isolato batteri dominanti, Escherichia coli , Enterococcus faecalis , Lactobacillus intestinalis , Clostridium innocuum e un romanzo Fusobacterium spp., Dal contenuto intestinale di ratti da latte convenzionali e li abbiamo trasferiti in diverse combinazioni in ratti adulti senza germi (GF)

Il regime nutrizionale regola l'uso complesso del sito di inizio della trascrizione all'interno di un cluster genico di pseudoalteromonas chitinasi

Il regime nutrizionale regola l'uso complesso del sito di inizio della trascrizione all'interno di un cluster genico di pseudoalteromonas chitinasi

Astratto Il cluster genico di chitinasi del batterio marino Pseudoalteromonas sp. S91, chiABC , che produce le principali chitinasi di questa specie, è stato trascritto come operone e da ogni singolo gene. è stato scoperto che chiA , chiB e chiC possiedono punti di partenza trascrizionali multipli (TSP), il cui uso è stato determinato dal regime nutrizionale utilizzato per la crescita di S91. N

Il genere Micromonospora è molto diffuso nei noduli delle radici di leguminose: l'esempio del Lupinus angustifolius

Il genere Micromonospora è molto diffuso nei noduli delle radici di leguminose: l'esempio del Lupinus angustifolius

Soggetti Ecologia microbica Microbiologia del suolo Simbiosi Astratto Le nostre attuali conoscenze sulle interazioni pianta-microbo indicano che le popolazioni che abitano una pianta ospite non sono limitate a una singola specie microbica ma comprendono diversi generi e specie. Nessuno sa se le comunità all'interno delle piante interagiscono ed è stato ipotizzato che gli effetti benefici siano il risultato delle loro attività combinate. D

Il sondaggio molecolare specifico del lignaggio rivela una nuova diversità e un partizionamento ecologico degli aplosporidi

Il sondaggio molecolare specifico del lignaggio rivela una nuova diversità e un partizionamento ecologico degli aplosporidi

Soggetti Biooceanography Ecologia microbica Parassitologia Astratto Gli aplosporidi sono parassiti rizariani di invertebrati prevalentemente marini. Includono gli agenti causali delle malattie dei molluschi commercialmente importanti, inclusa la malattia MSX nelle ostriche. Nonostante la loro importanza per la sicurezza alimentare, la loro diversità e distribuzioni sono poco conosciute.

Il quorum sensing protegge la cooperazione batterica dallo sfruttamento da parte di imbroglioni

Il quorum sensing protegge la cooperazione batterica dallo sfruttamento da parte di imbroglioni

Soggetti Ecologia microbica Astratto Il quorum sensing (QS) è un sistema di comunicazione cellula-cellula presente in molte specie batteriche, che controlla comunemente tratti cooperativi segreti, inclusi gli enzimi digestivi extracellulari. Mostriamo che l'architettura normativa QS canonica consente ai batteri di rilevare la composizione genotipica delle popolazioni ad alta densità e limitare gli investimenti cooperativi agli ambienti sociali arricchiti per i collaboratori.

I nutrienti guidano i cambiamenti trascrizionali che mantengono l'omeostasi metabolica ma alterano l'architettura del genoma in Microcystis

I nutrienti guidano i cambiamenti trascrizionali che mantengono l'omeostasi metabolica ma alterano l'architettura del genoma in Microcystis

Soggetti Ecologia d'acqua dolce Ecologia microbica trascrittomica Una rettifica di questo articolo è stata pubblicata il 23 settembre 2014 Questo articolo è stato aggiornato Astratto Il cyanobacterium Microcystis aeruginosa è un organismo che forma la fioritura a livello globale che degrada i sistemi di acqua dolce in tutto il mondo. I

Life on the edge: risposta genomica funzionale di Ignicoccus hospitalis alla presenza di Nanoarchaeum equitans

Life on the edge: risposta genomica funzionale di Ignicoccus hospitalis alla presenza di Nanoarchaeum equitans

Soggetti Genomica arcaea Biologia evolutiva Genomica funzionale Dinamica della popolazione Astratto Il crenarchaeon ipertermofilo marino Ignicoccus hospitalis sostiene la propagazione sulla sua superficie di Nanoarchaeum equitans , un archeologo evolutivamente enigmatico che assomiglia a batteri parassiti e simbiotici altamente derivati

La ricerca di una visione unificata della colonizzazione batterica della terra

La ricerca di una visione unificata della colonizzazione batterica della terra

Soggetti metagenomica Ecologia microbica Phylogenetics Astratto L'esplorazione dei meccanismi molecolari alla base della transizione batterica acqua-terra rappresenta un inizio fondamentale verso una migliore comprensione del funzionamento e della stabilità degli ecosistemi terrestri. Qui, eseguiamo analisi complete basate su una grande varietà di batteri integrando dati tassonomici, filogenetici e metagenomici, nella ricerca di una visione unificata che chiarisca le dinamiche genomiche, evolutive ed ecologiche dei progenitori marini nell'adattarsi ad ambienti non acquatici.

L'uso di sondaggi isotopici stabili per identificare i microrganismi chiave che riducono il ferro coinvolti nella degradazione del benzene anaerobico

L'uso di sondaggi isotopici stabili per identificare i microrganismi chiave che riducono il ferro coinvolti nella degradazione del benzene anaerobico

Astratto Qui, presentiamo una caratterizzazione funzionale e filogenetica dettagliata di una cultura dell'arricchimento riducente del ferro mantenuta nel nostro laboratorio con benzene come unica fonte di carbonio ed energia. Abbiamo usato il sondaggio isotopico stabile al DNA per identificare i microbi all'interno dell'arricchimento più attivo nell'assimilazione di 13 etichette C.

Relazione funzionale tra Campylobacter concisus e l'ecosistema dello stomaco in salute e malattia

Relazione funzionale tra Campylobacter concisus e l'ecosistema dello stomaco in salute e malattia

Soggetti Ecologia microbica microbiota Il nostro gruppo ha letto con grande interesse l'articolo di von Rosenvinge et al. (2013) sulla caratterizzazione del microbiota presente nel fluido dello stomaco usando sia il DNA ribosomiale 16S che il sequenziamento dell'RNA ribosomiale. L'acidità gastrica e gli enzimi proteolitici fungono da barriera ai microbi ingeriti, influenzando così l'ecologia microbica dell'intero tratto gastrointestinale (GIT).

Circuiti di rilevamento del quorum guidati da AHL: la loro frequenza e funzione tra i Proteobatteri

Circuiti di rilevamento del quorum guidati da AHL: la loro frequenza e funzione tra i Proteobatteri

È ora evidente che i batteri utilizzano sistemi regolatori chiamati quorum sensing (QS) per rilevare la loro densità di popolazione. Tali sistemi dipendono dalla produzione di molecole di segnalazione che attivano geni specifici quando il segnale raggiunge una concentrazione di soglia critica. Tali geni regolati dal QS producono fenotipi che richiedono un comportamento coordinato per trasmettere un vantaggio competitivo alla popolazione (come la formazione di biofilm e la patogenesi).

Biogeografia e diversità di Collodaria (Radiolaria) nell'oceano globale

Biogeografia e diversità di Collodaria (Radiolaria) nell'oceano globale

Soggetti biodiversità Biooceanografia microbica Astratto I Collodaria sono protettori marini eterotrofi che esistono sia come grandi colonie composte da centinaia di cellule sia come grandi cellule solitarie. Tutte le specie descritte finora ospitano microalghe intracellulari come fotosintomi. Sebbene recenti sondaggi sulla diversità ambientale basati su metodi molecolari abbiano dimostrato il loro contributo costantemente elevato alle comunità planctoniche e la loro presenza in tutto il mondo, la nostra comprensione della loro diversità e biogeografia è ancora molto limitata. Qui

Prove molecolari di limitazione e disponibilità di ferro nel diazotrofio globale Trichodesmium

Prove molecolari di limitazione e disponibilità di ferro nel diazotrofio globale Trichodesmium

Soggetti Fisiologia batterica biogeochimica Biooceanografia microbica Evoluzione molecolare Astratto L'attività del trichodesmium che fissa il genere cianobatterico N 2 è fondamentale per i cicli globali di azoto (N) e carbonio (C). Sebbene il ferro (Fe) abbia dimostrato di essere un elemento importante che limita la crescita e la fissazione di N 2 del tricodesmio , non ci sono stati dati specifici che dimostrino l'effetto in situ di Fe sul tricodesmio .

Produzione di siderofori e formazione di biofilm come tratti sociali collegati

Produzione di siderofori e formazione di biofilm come tratti sociali collegati

Astratto La virulenza dei microbi patogeni può dipendere da singole cellule che cooperano nella produzione concertata di molecole che facilitano la colonizzazione o lo sfruttamento dell'ospite. Tuttavia, i gruppi cooperanti possono essere sfruttati da disertori sociali o "imbroglioni".

Caratterizzazione di dinamiche miste di popolazione microbica mediante analisi di serie storiche

Caratterizzazione di dinamiche miste di popolazione microbica mediante analisi di serie storiche

Astratto A causa di una generale carenza di dati sulla popolazione temporale, le strutture dinamiche nelle comunità microbiche rimangono in gran parte inesplorate. La conoscenza delle dinamiche della comunità è tuttavia essenziale per comprendere i meccanismi attraverso i quali i microbi interagiscono. Q

Analisi diretta dell'espressione del gene tfdA da parte di batteri indigeni nel suolo agricolo modificato con acido fenossi

Analisi diretta dell'espressione del gene tfdA da parte di batteri indigeni nel suolo agricolo modificato con acido fenossi

Astratto L'espressione del gene funzionale tfdA coinvolto nella degradazione degli acidi fenossiacetici come l'acido 2, 4-diclorofenossiacetico (2, 4-D) e l'acido 4-cloro-2-metilfenossiacacetico (MCPA) è stata studiata durante gli scenari di degradazione in campioni di terreno naturale non visto.

La genomica comparata dei lignaggi patogeni di Vibrio nigripulchritudo identifica i tratti associati alla virulenza

La genomica comparata dei lignaggi patogeni di Vibrio nigripulchritudo identifica i tratti associati alla virulenza

Soggetti Patogenesi batterica Genomica comparativa Ricombinazione del DNA Phylogenetics Astratto Il vibrio nigripulchritudo è un agente patogeno emergente di gamberetti d'allevamento in Nuova Caledonia e in altre regioni dell'Indo-Pacifico. I determinanti molecolari della patogenicità di V.