Metodi (Aprile 2020)

Correzione rapida e accurata degli errori di amplicon pyrosequences utilizzando Acacia

Correzione rapida e accurata degli errori di amplicon pyrosequences utilizzando Acacia

Soggetti Bioinformatica Comunità microbiche sequencing All'editore: Le metriche sulla diversità microbica basate sul sequenziamento degli ampliconi ad alto rendimento sono compromesse da errori di lettura. Roche 454 GS FLX Il pirosequenziamento in titanio è attualmente la tecnologia più utilizzata per gli studi di comunità microbica basati su ampliconi, nonostante gli alti tassi di errore di inserzione-cancellazione associati all'omopolimero 1, 2 . Att

Quantificazione della risoluzione locale delle mappe di densità crio-EM

Quantificazione della risoluzione locale delle mappe di densità crio-EM

Soggetti Microscopia crioelettronica Elaborazione delle immagini proteine Software Astratto Proponiamo una definizione di risoluzione locale per le mappe di densità di microscopia elettronica a crio-microscopia tridimensionale (crio-EM) che utilizza caratteristiche sinusoidali locali. Il nostro algoritmo non ha parametri gratuiti ed è applicabile ad altre modalità di imaging, inclusa la tomografia. V

Visualizzazione dei dati: ambiguità come compagno di viaggio

Visualizzazione dei dati: ambiguità come compagno di viaggio

Soggetti Bioinformatica Biologia computazionale e bioinformatica Essere sicuri è buono; essere incerti non è necessariamente male. I team di ricerca stanno lavorando per rendere visiva l'incertezza. Principale I dati di un esperimento possono apparire solidi. Dopo un ulteriore esame, i dati potrebbero trasformarsi in qualcosa di molto meno solido.

ProteomeBinders: pianificazione di una risorsa europea di reagenti di affinità per l'analisi del proteoma umano

ProteomeBinders: pianificazione di una risorsa europea di reagenti di affinità per l'analisi del proteoma umano

Una rettifica di questo articolo è stata pubblicata il 01 febbraio 2007 Questo articolo è stato aggiornato ProteomeBinders è un nuovo consorzio europeo che mira a costituire una risorsa completa di reagenti di affinità ben caratterizzati, inclusi ma non limitati a anticorpi, per l'analisi del proteoma umano. Da

Addendum: esplorazione dei determinanti di sequenza della struttura amiloide mediante matrici di punteggio specifiche della posizione

Addendum: esplorazione dei determinanti di sequenza della struttura amiloide mediante matrici di punteggio specifiche della posizione

Soggetti Aggregazione proteica Sequenziamento proteico Informatica proteomica L'articolo originale è stato pubblicato il 14 febbraio 2010 Nat. Metodi 7 , 237-242 (2010); pubblicato online il 14 febbraio 2010; addendum pubblicato dopo la stampa il 29 settembre 2010. Dopo la pubblicazione del nostro documento, abbiamo identificato un errore nella Tabella 1 relativo al confronto del nostro programma, Waltz, con il profilo 3D del programma 1 (rif.

Plasmidi: shopping nell'era dell'abbondanza

Plasmidi: shopping nell'era dell'abbondanza

Soggetti Tecniche citologiche Genomica funzionale Celle solari Tecnologia Gestire, condividere e controllare la qualità dei plasmidi può essere semplice. Ma molte tecniche per diffonderle non si ridimensionano, il che porta le organizzazioni non profit e le aziende a esplorare nuove opzioni. Principale Esistono molti modi per "acquistare" i plasmidi, il DNA extracromosomico e circolare presente nei batteri e in alcune cellule eucariotiche.

Più piccolo è, meglio è

Più piccolo è, meglio è

I biologi sono sempre più interessati agli approcci a singola molecola. In questo numero, un Focus fornisce una guida per biologi in questo campo relativamente nuovo e due articoli presentano progressi nella visualizzazione su nanoscala. Visitare methagora per visualizzare e pubblicare commenti su questo articolo.

Rettifica: identificazione accurata delle varianti a singolo nucleotide in singole cellule amplificate a genoma intero

Rettifica: identificazione accurata delle varianti a singolo nucleotide in singole cellule amplificate a genoma intero

L'articolo originale è stato pubblicato il 20 marzo 2017 Nat. Metodi 14 , 491–493 (2017); pubblicato online il 20 marzo 2017; corretto dopo la stampa del 13 ottobre 2017 Nella versione di questo articolo inizialmente pubblicato, Lodato, MA et al . Science 350 , 94–98 (2015) (riferimento 2) è stato citato come esempio di uno studio di sequenziamento a singola cellula con transizioni CG-TA elevate che applica la lisi del calore. Tutt

I prodotti Thermo Scientific consentono l'applicazione di cellule staminali all'avanguardia

I prodotti Thermo Scientific consentono l'applicazione di cellule staminali all'avanguardia

Astratto Il portafoglio di eccellenza delle cellule staminali Thermo Scientific comprende molti dei prodotti essenziali per la ricerca di successo sulle cellule staminali. Utilizzati dai ricercatori per supportare applicazioni all'avanguardia nei laboratori di tutto il mondo, i prodotti del portafoglio Eccellenza delle cellule staminali forniscono l'accuratezza e l'affidabilità necessarie per supportare questa innovativa area di ricerca.

Microscopia: vedere attraverso i tessuti

Microscopia: vedere attraverso i tessuti

Soggetti Neuroscienze cellulari Imaging a fluorescenza Tecnologia I campioni di tessuto diffondono la luce e chiudono uno sguardo più profondo. Gli agenti di eliminazione dei tessuti lo hanno cambiato, ma gli scienziati devono prendere in considerazione l'ottimizzazione dell'ottica quando utilizzano questi metodi.

Rettifica: mutagenesi di singolo amminoacido fortemente parallela

Rettifica: mutagenesi di singolo amminoacido fortemente parallela

L'articolo originale è stato pubblicato il 05 gennaio 2015 Nat. Metodi 12 , 203–206 (2015); pubblicato online il 5 gennaio 2015; corretto dopo la stampa del 10 aprile 2017 Nella versione di questo articolo inizialmente pubblicata, l'unità (nM) per la concentrazione dUTP descritta nella sezione "Preparazione del modello wild-type" dei Metodi online era errata. L&

Una risposta progettata in modo intelligente

Una risposta progettata in modo intelligente

È sempre più probabile che gli scienziati siano chiamati a discutere il mito del design intelligente come teoria scientifica. Visitare methagora per visualizzare e pubblicare commenti su questo articolo. Poco più di un anno prima di celebrare il bicentenario della nascita di Darwin, l'attivismo anti-Darwin è vivo e vegeto. Il

Microfluidica: alla ricerca di un'applicazione killer

Microfluidica: alla ricerca di un'applicazione killer

Aziende e ricercatori accademici stanno sviluppando sempre più dispositivi microfluidici. Ma ciò che le parti interessate della tecnologia vogliono davvero è un'applicazione che attiverà l'adozione diffusa della microfluidica da parte dei biologi. Riferisce Nathan Blow. Il campo della microfluidica si trova ora in un punto in cui è attiva la ricerca di una "applicazione killer" o di un'app killer, come direbbero i computer. Neg

Piccoli RNA: il nuovo mondo coraggioso della biologia

Piccoli RNA: il nuovo mondo coraggioso della biologia

Le piccole scoperte di RNA e gli sforzi di profilazione stanno drasticamente rimodellando i concetti fondamentali di come i geni sono regolati e stanno portando a nuovi strumenti per studiare la funzione genica. La capacità dell'RNA a doppio filamento di silenziare i geni è stata descritta per la prima volta in Caenorhabditis elegans nel 1998, una scoperta che avrebbe fruttato ad Andrew Fire e Craig Mello il premio Nobel 2006 in fisiologia o medicina.

Esplorazione di grandi dati sul genoma del cancro

Esplorazione di grandi dati sul genoma del cancro

Soggetti Bioinformatica Genomica del cancro Aprendo strade attraverso montagne di dati, i consorzi stanno sviluppando flussi di lavoro e strumenti per un uso diffuso. Principale Il genetista del cancro Matthew Meyerson, che è al Dana-Farber Cancer Institute e al Broad Institute of MIT e Harvard, segue i molti modi in cui i tumori provocano il caos nelle cellule ordinate.

Preparazione rapida e ad alto rendimento della libreria per il sequenziamento di prossima generazione

Preparazione rapida e ad alto rendimento della libreria per il sequenziamento di prossima generazione

Soggetti Biblioteche chimiche Sequenziamento di prossima generazione Astratto I progressi nel sequenziamento di prossima generazione hanno portato a nuovi metodi di preparazione delle librerie compatibili con più piattaforme di sequenziamento. I metodi attuali (sia meccanici che enzimatici) affrontano limitazioni: protocolli multi-step, perdita del campione, mancanza di automazione e costi di manodopera.

Microbiologia: sfruttare al meglio la distorsione da PCR

Microbiologia: sfruttare al meglio la distorsione da PCR

Soggetti metagenomica microbiome Tecniche basate sulla PCR Molti fattori possono distorcere i risultati di una tecnica di amplificazione ampiamente utilizzata per l'analisi del microbioma, ma i ricercatori stanno trovando strategie per arrivare alla verità. Principale Immagina di aggrapparti a una fiala d'acqua che brulica di microbi, e questo è un bene, perché stai conducendo un censimento della miriade di microscopici abitanti del lago da cui hai ottenuto quell'acqua. M

Le piccole vie aeree su un chip consentono l'analisi dell'infiammazione polmonare umana e le risposte dei farmaci in vitro

Le piccole vie aeree su un chip consentono l'analisi dell'infiammazione polmonare umana e le risposte dei farmaci in vitro

Soggetti Le citochine Lab-on-a-chip Respirazione Ricerca traslazionale Astratto Qui descriviamo lo sviluppo di una 'piccola via aerea su un chip' di un polmone umano contenente un epitelio bronchiolare mucociliare differenziato e un endotelio microvascolare sottostante che sperimenta un flusso di fluido, che consente l'analisi della fisiopatologia polmonare a livello di organo in vitro

La misura della riproducibilità

La misura della riproducibilità

Soggetti Tecniche biologiche Dati di ricerca Una chiara idea delle prestazioni - i punti di forza ma anche i limiti - dei metodi di ricerca biologica è fondamentale per generare dati affidabili che altri sono in grado di riprodurre. Essere in grado di replicare e basarsi sul lavoro di altri scienziati o modificare le proprie idee quando i dati suggeriscono il contrario, fa parte del fondamento a supporto del processo scientifico.

Dove sono i dati?

Dove sono i dati?

Soggetti editoriale Nature Methods ora richiede che le dichiarazioni sulla disponibilità dei dati siano fornite con documenti di ricerca. Mentre la comunità di ricerca abbraccia la condivisione dei dati, le riviste accademiche possono fare la propria parte per aiutare. A partire da questo mese, tutti gli articoli di ricerca accettati per la pubblicazione in Nature , Nature Methods e altri 11 titoli Nature dovranno includere informazioni su se e come i lettori possono accedere ai dati sottostanti.

Etichettatura proteomica nascente in vivo

Etichettatura proteomica nascente in vivo

Soggetti Proteome Analisi proteomica proteomica Alvarez-Castelao, B. et al . Nat. Biotechnol. 35 , 1196-1201 (2017). I metodi per contrassegnare le proteine ​​appena sintetizzate consentono ai ricercatori di pescare le proteine ​​fuori dalle cellule per l'identificazione mediante tecniche come la spettrometria di massa. Il sis

Rettifica: visualizzazione comparativa delle relazioni genotipo-fenotipo

Rettifica: visualizzazione comparativa delle relazioni genotipo-fenotipo

L'articolo originale è stato pubblicato il 30 luglio 2015 Nat. Metodi 12 , 698–699 (2015); pubblicato online il 30 luglio 2015; corretto dopo la stampa il 24 settembre 2015 Nella versione di questo articolo inizialmente pubblicata, è stata omessa una fonte di finanziamento. Gli autori riconoscono ulteriori finanziamenti dal Medical Research Council (programma MC_U142684171). L&

Conservazione allo stato secco, a temperatura ambiente di DNA e RNA

Conservazione allo stato secco, a temperatura ambiente di DNA e RNA

Astratto L'acqua accorcia la durata di conservazione del DNA. L'integrità del biosample è discutibile per i campioni conservati in un ambiente umido a causa del rischio persistente di idrolisi del DNA, anche a bassa temperatura. GenVault ha sviluppato una suite di prodotti che include GenPlates ™, GenSolve ™, GenTegra ™ Tubes e GenConnect ™ per conservare e gestire i biosample asciutti ea temperatura ambiente (25 ° C). GenVault

Spettrometria di massa: giocare al passo

Spettrometria di massa: giocare al passo

La spettrometria di massa è più che mai all'avanguardia nella ricerca proteomica funzionale. La tecnologia ha fatto molta strada, ma cosa riserva il futuro? Nathan Blow riceve prospettive, previsioni e desideri dagli sviluppatori chiave. "Quello che abbiamo visto nell'ultimo decennio sono stati principalmente miglioramenti delle tecnologie esistenti", afferma Franz Hillenkamp dell'Università di Munster. J

Una "guida approssimativa" alla pubblicazione

Una "guida approssimativa" alla pubblicazione

Invio o reinvio di un manoscritto: alcuni passaggi e decisioni importanti lungo la strada. Visitare methagora per visualizzare e pubblicare commenti su questo articolo. Il percorso di pubblicazione è ben battuto per alcuni scienziati, ma sembra più una strada oscura e non segnata per altri. Aiuta a sapere cosa aspettarsi dalla peer review (vedi il nostro editoriale di maggio 2006), ma molte altre fasi procedurali spesso causano disorientamento.

Spettrometria di massa per biologi

Spettrometria di massa per biologi

Soggetti Spettrometria di massa proteomica La proteomica basata sulla spettrometria di massa si sta ancora espandendo rapidamente, non solo in termini di metodi e strumenti, ma anche di questioni biologiche. Carol Robinson ha usato per la prima volta uno spettrometro di massa da adolescente nei primi anni '70

Fonti di variazione

Fonti di variazione

Soggetti Dati di ricerca metodi statistici Astratto Per generalizzare le conclusioni a una popolazione, dobbiamo assaggiare la sua variazione. Principale La variabilità è inevitabile negli esperimenti a causa di effetti sia biologici che tecnici. Mentre la variabilità tecnica dovrebbe essere strettamente controllata per migliorare la validità interna dei risultati, alcuni tipi di variabilità biologica devono essere mantenuti per consentire la generalizzazione dei risultati alla popolazione di interesse. Con

Una piattaforma di screening fenotipico umanizzato per il dolore cronico

Una piattaforma di screening fenotipico umanizzato per il dolore cronico

Soggetti Dolore cronico Screening fenotipico Astratto Censo Biotechnologies e Cellectricon hanno unito le forze per sviluppare una piattaforma di scoperta di farmaci umanizzati di prim'ordine per colpire il dolore cronico. La piattaforma si basa su neuroni pluripotenti derivati ​​dalle cellule staminali indotte dall'uomo in combinazione con il sistema di screening Cellaxess ® Elektra di Cellectricon. La

La genomica strutturale sotto i riflettori

La genomica strutturale sotto i riflettori

Gli sforzi di genomica strutturale hanno stimolato il continuo sviluppo di nuovi metodi e tecnologie, a beneficio di un'ampia comunità. Visitare methagora per visualizzare e pubblicare commenti su questo articolo. Una delle molte aree di ricerca che hanno preso il via dai progetti sul genoma è il campo noto come genomica strutturale, lo sforzo ad alto rendimento di risolvere strutture proteiche tridimensionali.

Errore: ImmunoPET per tutto il corpo rivela dinamiche SIV attive nei macachi trattati con terapia viremica e antiretrovirale

Errore: ImmunoPET per tutto il corpo rivela dinamiche SIV attive nei macachi trattati con terapia viremica e antiretrovirale

L'articolo originale è stato pubblicato il 9 marzo 2015 Nat. Metodi 12 , 427–432 (2015); pubblicato online il 9 marzo 2015; corretto dopo la stampa dell'11 giugno 2015 Nella versione di questo articolo inizialmente pubblicato, il nome di Emmeline L. Blanchard era errato come Emeline. L'errore è stato corretto nelle versioni HTML e PDF dell'articolo. au

Lo screening accademico ha un rendimento elevato

Lo screening accademico ha un rendimento elevato

Soggetti Affari e industria Screening ad alto rendimento Comunità scientifica La creazione di schermi efficaci richiede tempo, scetticismo e astuti compromessi. I ricercatori dei centri di screening accademici stanno creando test per progetti che le grandi aziende farmaceutiche sono riluttanti a toccare.

Confronto oggettivo dei metodi di tracciamento delle particelle

Confronto oggettivo dei metodi di tracciamento delle particelle

Soggetti Imaging a fluorescenza Elaborazione delle immagini Microscopia Astratto Il tracciamento delle particelle è di fondamentale importanza per l'analisi quantitativa dei processi dinamici intracellulari da dati di immagini al microscopio time-lapse. Poiché non è possibile rilevare manualmente e seguire un gran numero di singole particelle, molti gruppi hanno sviluppato metodi di calcolo automatizzati per queste attività. Co

Distribuzioni campionarie e bootstrap

Distribuzioni campionarie e bootstrap

Soggetti Dati di ricerca Astratto Il bootstrap può essere utilizzato per valutare l'incertezza delle stime del campione. Principale In precedenza abbiamo discusso dell'importanza di stimare l'incertezza nelle nostre misurazioni e di incorporarla nell'analisi dei dati 1 . Per conoscere la misura in cui possiamo generalizzare le nostre osservazioni, dobbiamo sapere come varia la nostra stima tra i campioni e se è distorta (sistematicamente sovrastimando o sottovalutando il valore reale).

Quindi stai scrivendo un documento

Quindi stai scrivendo un documento

Soggetti editoriale Scrivere un articolo scientifico chiaro, accurato e convincente è sia un'arte che un'abilità. Ne vale davvero la pena. Nel diciassettesimo secolo, all'inizio della storia della moderna scienza sperimentale, le scoperte erano in genere diffuse all'interno di un solo gruppo selezionato (S.

Uno studio campione di test HUPO rivela problemi comuni nella proteomica basata sulla spettrometria di massa

Uno studio campione di test HUPO rivela problemi comuni nella proteomica basata sulla spettrometria di massa

Una rettifica di questo articolo è stata pubblicata il 01 luglio 2009 Questo articolo è stato aggiornato Astratto Abbiamo condotto uno studio campione di prova per cercare di identificare errori che portano all'irriproducibilità, inclusa l'incompletezza del campionamento dei peptidi, nella proteomica basata su cromatografia liquida-spettrometria di massa. A

Screening: l'età dei pesci

Screening: l'età dei pesci

Soggetti Imaging microfluidica Selezione zebrafish I progressi nella microfluidica e nell'imaging, combinati con alcuni studi di alto profilo, stanno aumentando l'interesse per lo screening dell'intero organismo. Randall Peterson non entrò nella scuola di specializzazione per lavorare con zebrafish.

Rettifica: sfruttamento della struttura terziaria attraverso pieghe locali per la gradazione cristallografica

Rettifica: sfruttamento della struttura terziaria attraverso pieghe locali per la gradazione cristallografica

L'articolo originale è stato pubblicato il 15 settembre 2013 Nat. Metodi 10 , 1099-1101 (2013); pubblicato online il 15 settembre 2013; corretto dopo la stampa del 5 maggio 2014 Nella versione di questo articolo inizialmente pubblicato, gli autori non hanno riconosciuto tutte le persone coinvolte nella generazione del set di dati cristallografici di AF1503 da A.

Saggi immunologici AlphaLISA: l'alternativa senza lavaggio agli ELISA per la ricerca e la scoperta di farmaci

Saggi immunologici AlphaLISA: l'alternativa senza lavaggio agli ELISA per la ricerca e la scoperta di farmaci

Astratto I test immunologici AlphaLISA ® basati su perline di PerkinElmer sono progettati per la rilevazione di analiti in campioni biologici. Questi saggi chemiluminescenti senza lavaggio sono ideali per la miniaturizzazione e l'automazione. Esibiscono una notevole sensibilità, un'ampia gamma dinamica e prestazioni robuste che si confrontano vantaggiosamente con il saggio di immunosorbente convenzionale collegato agli enzimi (ELISA).

Ingegneria delle proteine: navigare tra caso e ragione

Ingegneria delle proteine: navigare tra caso e ragione

Soggetti Biblioteche chimiche Ingegneria delle proteine I ricercatori usano grandi librerie, librerie focalizzate e design razionale per progettare proteine ​​utili. L'ingegneria delle proteine ​​è stata utilizzata per creare farmaci anticorpali, proteine ​​fluorescenti molto brillanti ed enzimi che riducono i rifiuti tossici. Il farmaco

Metodo di preparazione della libreria ottimizzato per il sequenziamento di prossima generazione

Metodo di preparazione della libreria ottimizzato per il sequenziamento di prossima generazione

Astratto L'avvento del sequenziamento di prossima generazione ha reso possibile l'analisi del genoma a profondità precedentemente irraggiungibili. Roche, Illumina e Life Technologies, tra gli altri, hanno sviluppato piattaforme ben consolidate per il sequenziamento profondo. Indipendentemente dallo strumento, uno dei colli di bottiglia per il sequenziamento di prossima generazione è la quantità di tempo e risorse necessarie per la preparazione di template e librerie. Q

Valutazione critica dell'interpretazione del metagenoma: un punto di riferimento del software di metagenomica

Valutazione critica dell'interpretazione del metagenoma: un punto di riferimento del software di metagenomica

Soggetti Classificazione e tassonomia Biologia computazionale e bioinformatica metagenomica Astratto I metodi per l'assemblaggio, la profilazione tassonomica e il binning sono fondamentali per interpretare i dati del metagenoma, ma la mancanza di consenso sull'analisi comparativa complica la valutazione delle prestazioni

Errore: Tracciamento della dinamica strutturale delle proteine ​​in soluzione mediante scattering a raggi X grandangolare risolto nel tempo

Errore: Tracciamento della dinamica strutturale delle proteine ​​in soluzione mediante scattering a raggi X grandangolare risolto nel tempo

L'articolo originale è stato pubblicato il 21 settembre 2008 Nat. Metodi 5 , 881–886 (2008); pubblicato online il 21 settembre 2008; corretto dopo la stampa del 29 settembre 2008. Nella versione di questo articolo inizialmente pubblicata, la scala temporale riportata nella legenda della Figura 2d non è corretta. La

Cellule staminali: modelli patologici che mostrano e raccontano

Cellule staminali: modelli patologici che mostrano e raccontano

Soggetti Coltura cellulare Targeting genico Cellule staminali pluripotenti indotte Geni reporter Comunità scientifica Cellule staminali Astratto La combinazione di tecniche di modifica genica con cellule staminali pluripotenti indotte è sia potente che complicata. Principale Le cellule avevano un bell'aspetto, e questa era una brutta notizia, ricorda Clive Svendsen, ricercatrice di cellule staminali e neurobiologa presso il Cedars-Sinai Medical Center.

Concentrati sulla mappatura del cervello

Concentrati sulla mappatura del cervello

Soggetti Imaging Neuroscienza Visualizzazione della connettività funzionale nella corteccia cerebrale umana sulla base di dati di risonanza magnetica. Immagine del cervello di Joachim Böttger e Daniel Margulies (Max Planck Institute for Human Cognitive and Brain Sciences, Lipsia, Germania) con l'aiuto della composizione di Tobias S.

Spettrometria di massa per biologia della cromatina

Spettrometria di massa per biologia della cromatina

Soggetti cromatina Analisi dell'istone Spettrometria di massa Per scoprire nuovi segni e interazioni di istoni, i ricercatori si rivolgono ai sofisticati strumenti della proteomica. Principale Gli investigatori intenzionati a decifrare un codice potrebbero trascurarne un altro. Così ai tempi in cui si credeva che la sola sequenza del DNA contenesse tutti i segreti cellulari, gli istoni, i nuclei proteici che rilasciano il DNA, sono stati liquidati come poco più che materiale da imballaggio passivo.

Seguendo i fili

Seguendo i fili

Un errore di questo articolo è stato pubblicato il 01 gennaio 2008 Gli scienziati potrebbero aver finalmente sviluppato le tecniche per ricostruire schemi elettrici completi per i circuiti neuronali del cervello umano. Riferisce Nathan Blow. Nel 1880 Santiago Ramón y Cajal iniziò a esaminare la struttura del cervello umano a livello cellulare. P

Lo scienziato e lo smartphone

Lo scienziato e lo smartphone

Soggetti Matematica e informatica Le piattaforme di mobile computing come l'iPhone stanno iniziando a farsi strada nel laboratorio: prospettive o fiabe serie? Visitare methagora per visualizzare e pubblicare commenti su questo articolo. Una volta i telefoni venivano utilizzati esclusivamente per conversare con altre persone e i computer eseguivano applicazioni software

Assemblea del genoma de novo: ciò che ogni biologo dovrebbe sapere

Assemblea del genoma de novo: ciò che ogni biologo dovrebbe sapere

Soggetti Bioinformatica Algoritmi di assemblaggio del genoma Poiché un numero maggiore di genomi viene assemblato da zero, gli scienziati stanno lottando per valutare e migliorare la loro qualità. Principale Alla domanda su quanto sia maturo il campo dell'assemblaggio del genoma, Ian Korf dell'Università della California, Davis, lo confronta con un adolescente con grandi capacità. &q

Rettifica: analisi comparativa dei metodi di sequenziamento dell'RNA per campioni degradati o a basso input

Rettifica: analisi comparativa dei metodi di sequenziamento dell'RNA per campioni degradati o a basso input

Soggetti Sequenziamento dell'RNA trascrittomica L'articolo originale è stato pubblicato il 19 maggio 2013 Nat. Metodi 10 , 623–629 (2013); pubblicato online il 19 maggio 2013; corretto dopo il 2 dicembre 2013 Nella versione di questo articolo inizialmente pubblicata, nella sezione "Librerie RNase H" dei metodi online, la frase che inizia con "Abbiamo aggiunto 5 μl di RNase H preriscaldato ....

Strumenti per le neuroscienze: intuizioni del cervello

Strumenti per le neuroscienze: intuizioni del cervello

I ricercatori di due centri di neuroscienza con sede a Boston stanno lavorando per sviluppare nuovi strumenti e tecnologie di imaging con la speranza di scoprire i segreti dietro il funzionamento del cervello. Durante la settimana il neuroscienziato della Harvard University Randy Buckner viaggia più volte tra i suoi due uffici nell'area di Boston, uno al Martinos Center for Biomedical Imaging di Charlestown e l'altro dall'altra parte del fiume a Cambridge, nel campus principale della Harvard University.

Retrazione: mutazioni impreviste dopo l'editing CRISPR – Cas9 in vivo

Retrazione: mutazioni impreviste dopo l'editing CRISPR – Cas9 in vivo

L'articolo originale è stato pubblicato il 30 maggio 2017 Nat. Metodi 14 , 547-548 (2017); pubblicato online il 30 maggio 2017; aggiornato online il 14 giugno 2017; corretto online il 25 luglio 2017; ritirato il 30 marzo 2018 Questo documento è stato ritirato perché le varianti genomiche osservate dagli autori in due topi trattati con CRISPR non possono essere definitivamente attribuite a CRISPR-Cas9. I

Test non parametrici

Test non parametrici

Soggetti Dati di ricerca metodi statistici Una rettifica di questo articolo è stata pubblicata il 27 giugno 2014 Questo articolo è stato aggiornato I test non parametrici confrontano saldamente i dati distorti o classificati. Abbiamo visto che il test t è solido rispetto alle ipotesi sulla normalità e l'equivalenza 1 e quindi è ampiamente applicabile. Esi

Chiamata alla prossima generazione di reagenti di affinità

Chiamata alla prossima generazione di reagenti di affinità

Soggetti Generazione di anticorpi Strumenti chimici Vita di laboratorio Tecnologia Come complementi agli anticorpi, i nuovi reagenti per colpire le proteine ​​invitano a numerosi tipi di esperimenti. Principale Se solo i reagenti come gli anticorpi fossero facili da produrre, stabili per molti anni, versatili, rinnovabili ed economici e potrebbero permettere agli scienziati di interrogare contemporaneamente decine di proteine. Qu

Confronto di campioni - parte I

Confronto di campioni - parte I

Soggetti editoriale Dati di ricerca metodi statistici Il confronto efficace di coppie di campioni indipendenti o correlati richiede approcci diversi al test t . Tra i tipi più comuni di esperimenti ci sono studi comparativi che contrastano i risultati in condizioni diverse come maschio contro femmina, placebo contro farmaco o prima rispetto a dopo il trattamento.

Clustering

Clustering

Soggetti Estrazione dei dati Elaborazione dati Il clustering trova schemi nei dati, siano essi presenti o meno. Molte analisi biologiche comportano la suddivisione di campioni o variabili in cluster sulla base della somiglianza o della sua distanza inversa. Ad esempio, in uno studio sull'espressione genica, potremmo cercare sottogruppi di pazienti con espressione simile o adottare un approccio complementare e identificare geni espressi in modo simile tra i pazienti

Versione stand-alone SENSOLUX®: determinazione non invasiva di pH e DO in beute

Versione stand-alone SENSOLUX®: determinazione non invasiva di pH e DO in beute

Astratto La determinazione dei parametri cinetici di crescita durante lo sviluppo iniziale del processo è di cruciale importanza. Più informazioni vengono ottenute, più strategie di ottimizzazione possono essere applicate per generare linee cellulari altamente produttive. La nuova tecnologia SENSOLUX ® consente una misurazione ottica e non invasiva del pH e della saturazione di ossigeno disciolto nelle beute. Qu

Il buon arbitro

Il buon arbitro

Soggetti Tecniche biologiche editoriale Gli arbitri forniscono un servizio inestimabile nella promozione della scienza. Offriamo alcune spunti di riflessione su come scrutare efficacemente i metodi di revisione dei documenti. Come arbitro, sai che giudicare il lavoro di qualcun altro non è facile e richiede molto tempo e cura.

Citometria per imaging quantitativo: strumentazione di scelta per l'analisi cellulare e tissutale automatizzata

Citometria per imaging quantitativo: strumentazione di scelta per l'analisi cellulare e tissutale automatizzata

Soggetti Imaging cellulare Citometria a flusso Astratto La citometria a scansione laser (LSC) è la tecnologia prescelta per l'analisi automatizzata, ad alto contenuto quantitativo e ad alto rendimento di campioni cellulari eterogenei e campioni di tessuto. LSC completa la citometria a flusso, consentendo l'analisi di campioni attaccati a substrati solidi, come cellule aderenti e campioni di tessuto.